الانتقادات الموجهة للاخوان المسلمين
اتهم الرئيس المصري السابق حسني مبارك جماعة الاخوان المسلمين بأنها "جماعة لها تاريخ إرهابي" وذلك في حوار صحفي له مع مجلة دير شبيغل - Der Spigel الألمانية، نشر في ديسمبر 2004، حيث قال "ان جماعة الاخوان المسلمين لها تاريخ ارهابي لقد قتلوا واحداً من رؤساء الوزارة قبل الثورة لاختلاف آرائهم السياسية وفي عام 1954 حاولوا قتل الرئيسجمال عبد الناصر وكرروا محاولاتهم عدة مرات" مضيفا بأن الأحزاب الدينية "تهدد السلام الاجتماعي". بينما رفضت الجماعة إتهامها بالإرهاب وأعلنت أنها تدين الإرهاب وأن موقفها ثابت منالعنف والإرهاب وقالت أن تاريخها ناصع البياض وأن ما حدث في الماضي كانت أعمال فردية أستنكرها الإخوان ومرشدهم حسن البنا حينها، وعلق د. محمد حبيب النائب الأول للمرشد علي محاولة قتل جمال عبد الناصر في حادثة المنشية قائلا: «إن هذا الحادث تمثيلية كبرى أحكم تدبيرها بهدف القبض على الاخوان المسلمين والزج بهم في السجون والمعتقلات وازاحتهم من الطريق للاستئثار بالسلطة والانفراد بالحكم».
ترك بعض من أبناء الجماعة لها وابرز من تركوا الجماعة هم من عرفوا بأعضاء حزب الوسط، وكان على رأسهم المهندس أبو العلا ماضي وهو نقابي وعضو سابق في الجماعة، وهناك أيضا مختار نوح وثروت الخرباوي وآخرين، ولكن الإخوان المسلمون يردّون على هذا بأن كل قرار يتم تنفيذه داخل الجماعة لا يتم إلا بالشورى. ومن الطبيعي أن يختلف الأشخاص في الآراء ولكن كما يوجد في أي حزب هناك ما يسمى بالالتزام الحزبي ويعني تنفيذ المنتمي للحزب لكل قرارات الحزب حتى وإن خالفت رأيه الشخصي، كما أنه من الطبيعي أنه عند أخذ الشورى فإنها لن تؤخذ من كل أفراد الجماعة ولكن تؤخذ من قيادات الجماعة، بينما ورد في استطلاع مركز أبحاث أمريكي أن أكثر من ثلثي المصريين (69%) يعتقدون أن جماعة الإخوان تؤمنبالديمقراطية.
وفي أول دراسة ميدانية عن الإخوان منذ أربعين عاما، والتي استمرت لمدة عامين ونصف، يشير صاحب البحث الكاتب المصري المتخصص في شؤون الحركات الإسلامية، خليل العناني، في كتابه "الاخوان المسلمون في مصر، شيخوخة تصارع الزمن" الصادر في 2007 إلى "وجود فجوة كبيرة داخل الجماعة في فهمهم لمسألة الديمقراطية، حيث يفهمونها كممارسة وليس كقيم، أي يدخلون الانتخابات ويطلقون مظاهرات لكن لا يوجد إيمان لديهم بقيم الديمقراطية من مساواة وحرية وعدالة".
مؤخرا قام معهد ديل كارنيجي للسلام بدراسة حول جماعة الإخوان في مصر جاء فيها أن الإخوان يواجهون أربع إشكاليات في مواجهة المجتمع المدني المصري وهي الديمقراطيةوالمرأة والاقباط والعلاقة مع الغرب.
وتتهم جماعة الاخوان المسلمين من قبل الحكومة المصرية وعدد من المحللين بتهمة استغلال الدين للوصول سياسيا إلى السلطة، من خلال شعار "الإسلام هو الحل".، وتنص التعديلات الدستورية التي تم اقرارها في مصر في مارس 2007م على منع استغلال الدين لأغراض سياسية.
كذلك هناك اتهام للجماعة في تاريخها الذي يتضمن عددا من عمليات الاغتيال السياسية التي أودت بحياة عدد من الزعماء والمسؤولين المصريين، أمثال رئيس الوزراء المصري بين عامي (1944 - 1945) أحمد ماهر باشا الذي إغتاله محمود العيسويأحد المنتمين للحزب الوطني فيما يقول البعض أن العيسوي كان ينتمي للإخوان، ورئيس الوزراء المصري بين عامي (1945 - 1948) محمود فهمي النقراشي ، والقاضي أحمد الخازندار الذي أصدر أحكاما قضائية على عدد من المتهمين في جرائم والمنتمين لجماعة الاخوان المسلمين، والذي تم اغتياله علي يد أفراد من النظام الخاص بالجماعة. كذلك اتهم رفعت السعيدالجماعة بتفجير عدد من مراكز الشرطة المصرية في العام1946.ألف الدكتور أيمن الظواهري زعيم جماعة الجهاد الإسلامي في مصر والرجل الثاني في تنظيم القاعدة كتابا بعنوان "الحصاد المر: الإخوان المسلمون في ستين عاما" ينتقد فيه الجماعة بشدة ويتهمها بالخلل والانحراف ويعطي أمثلة على تأييد الإخوان للحكام في مصر، ومواقفهم المؤيدة للدستور والديمقراطية ورفضهم العنف وقبولهم بالأحزاب العلمانية وغير الإسلامية، وقبولهم ومشاركتهم في عمليات تداول السلطة والتنافس عليها سلميا، وقبولهم بالقوانين والأنظمة والتشريعات القائمة في مصر والعالم الإسلامي. ويجد الظواهري أن الجماعة لم تكتف بعدم تكفير الحكام بغير ما أنزل الله، بل تجاوزت هذا الاعتراف بأقوالها وأفعالها بشرعية هؤلاء الحكام وتركت هذا الفهم يستشري في صفوفها، بل واعترفت الجماعة بشرعية المؤسسات الدستورية العلمانية والبرلمان والانتخابات والديمقراطية !! قائلا: «رضيت جماعة الإخوان بالاحتكام إلى الديمقراطية وسيادة الشعب والانتخاب كطريق للتغيير والوصول إلى الحكم حتى قال حسن البنا إن مؤاخذتهم على الدستور يمكن تغييرها بالطرق التي وصفها الدستور نفسه، أي الأسلوب الديمقراطي»، ويرى الظواهري أن الجماعة نبذت العنف الذي هو الجهاد في سبيل الله وتبرأت ممن يتبنون العنف ولو من أتباعها، ويعتبرها مخالفات شرعية كبيرة رافقت تأسيس الجماعة وقامت عليها ومتهما الجماعة بعدم جهاد الحكام معلقا على جهاد الإخوان في فلسطين وحرب السويس: «ثم إن القتال في فلسطين أقل وجوبا من قتال الحكام المرتدين لأن قتال المرتد مقدم على قتال الكافر الأصلي، ولأن تحرير فلسطين والبلاد الإسلامية المحتلة يكون بعد إقامة حكم الله»
انتقادات العلماء لجماعة الإخوان المسلمين
انتقد بعض العلماء في السعودية جماعة الإخوان المسلمين وغالبهم ينسبون إلى التيار السلفي منهم عبد العزيز بن بازومحمد بن صالح العثيمين وغيرهم.
إدراج كمنظمة إرهابية
أدرجت عدة دول جماعة الإخوان المسلمين ومنظمات مرتبطة بها "كمنظمة إرهابية" من بين هذه الدول روسيا الإتحادية التي أدرجت الجماعة في 28 يوليو2006 ضمن قائمة ضمت 17 منظمة تصنفها كإرهابية. كما أدرجت جمعية الإصلاح الاجتماعيالكويتية مستثنية حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني من القائمة، لكن الحكومة الأردنية أكدت أن الجماعة في الأردن هي تنظيم سلمي ينبذ العنف والإرهاب وقالت "حركة الإخوان المسلمين في الأردن بالذات هي حركة شرعية تعمل تحت مظلة دستور وقوانين الأردن وهي ذات خصوصية أردنية تميزها عن أي تنظيم آخر يحمل ذات العنوان". وطالب مجلس النواب الأردني السلطات الروسية بالعودة عن قراره هذا وفي فبراير 2012 وبعد نجاح الإخوان في مصر في الانتخابات البرلمانية قالت روسيا أنها مستعدة لإقامة علاقات بناءة مع جماعة الاخوان المسلمين كذلك اعتبر تقرير أمريكي صدر في 2008 عن "المشروع الأميركي الاستقصائي لمكافحة الإرهاب" بأن جماعة الإخوان "تستغل نشاطها لبناء قاعدة دعم كبيرة داخل الطبقات الفقيرة بمصر وأن لها دورا في تعزيز الإرهاب ضد مصالح أمريكا" "وأنهم ما زالوا يتحركون برأي مؤسس الجماعة حسن البنا، بأن الإسلام سوف يسود العالم، وأنهم (الإخوان) يسعون إلى استعادة الخلافة الإسلامية"، لكن د. محمد حبيب النائب الأول للمرشد آنذاك أبدى استغرابه لما ورد في التقرير، قائلاً: «هل هناك ارتباط ما بين التواصل مع الجماهير ومحاولة رفع المعاناة عنها، والحرب على الإرهاب.. هذا أمر يستحق منا الاستغراب والدهشة».
أيضا قامت كازاخستان باعلان جماعة الإخوان المسلمين وجمعية الإصلاح الاجتماعي في الكويت ضمن قائمة ضمت 12 منظمة دولية تصفها بالإرهابية.
و7 مايو2009 أعلنت وكالة أنباء نوفوستي الرسمية الروسية أنمنظمة معاهدة الأمن الجماعي والتي تشارك فيها روسياوكازاخستان وبيلوروسيا وأرمينيا وقرغيزيا وطاجيكستانوأوزبكستان قامت بتوسيع قائمة المنظمات الإرهابية إلى 31 متضمنة جماعة الإخوان المسلمين